Он ушел с должности по собственному заявлению, чтобы сосредоточиться на на научной работе.
В прошлом году между Сергеем Мироненко и министром культуры России Владимиром Мединским произошел конфликт. Директор Госархива назвал «мифом» подвиг 28 героев-панфиловцев в ноябре 1941 г. при обороне Москвы от немецко-фашистских захватчиков. В ответ Мединский призвал руководство Госархива «заниматься своей профессией и не давать собственных оценок архивным документам».